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有毒重金屬危害人體健康已經是普遍性的問題。現代人許多不明原因的腸胃症狀、過敏病、內分泌失調、疲倦、注意力／記憶力減退、憂鬱／情緒不穩／多夢怪夢、智能退化／痴呆、肌肉關節酸痛／腹痛、高血壓／高血脂／心血管疾病、甚至兒童自閉／注意力缺失／過動…等等一籮筐被診斷為「體質」或「壓力」或「退化」所引發的兒童或成人慢性疾病、甚至癌症，都可能與體內的有毒重金屬如汞、鉛、砷、鎘有關。因此，「減輕重金屬毒性反應」、「預防腸胃吸收重金屬」、以及最終極的「排除體內重金屬」不論在疾病的治療或預防上都顯得越來越重要。

排除體內重金屬的傳統治療藥物包括EDTA、DMSA、DMPS等重金屬螯合劑，不過，除了藥物之外，也必須補充許多特殊的輔助營養，才能使體內排毒作用順利進行，這其中很重要的一項便是益生菌。益生菌可以減少食物中有毒重金屬被腸道吸收的量，同時也可以降低經由膽汁排洩出的有毒重金屬被腸道組織再吸收的比例。

以「汞」為例，由於全球性海洋汞污染導致海魚含汞、補牙使用汞齊、注射藥品使用汞作為殺菌劑（疫苗、免疫球蛋白、荷爾蒙製劑等）、土壤汞污染與農藥含汞、某些中草藥含汞、使用含汞美白保養品…等等，使得人們體內的汞量越來越高，即使是嬰兒也會透過母體胎盤而蓄積許多汞。不幸的是，人體排除汞的能力很有限，部分經由膽汁排洩到腸道中的汞卻又被腸道中的壞菌轉變為有機汞而再回收到體內，因此，減少腸胃中的汞被吸收是非常重要的課題。研究發現，大量益生菌存在時，可以攝入腸道中的有機汞和無機汞（Hg²⁺），在菌體內將其轉變為汞金屬（Hg⁰），最後汞金屬脫離菌體而排出腸道外。因此，當腸道菌叢生態中壞菌多好菌少時，不但飲食中的汞容易被人體吸收，而已經吸收到體內的汞也不容易被排洩出體外，相反的，如果益生菌佔大多數時，對於減緩體內汞蓄積速度、及降低游離汞對腸道免疫組織毒性傷害，都有很大的幫助。

除了預防汞的吸收之外，研究發現某些益生菌也能攝入鉛、鎘等有毒重金屬，甚至於氰毒（cyanotoxin）、黴菌毒素（mycotoxin）等毒性物質，這些不起眼的小生命，真可說是人體腸道內的清道夫哩！